一、Web Server（以Nginx为例）
1、为防止跨站感染，将虚拟主机目录隔离（可以直接利用fpm建立多个程序池达到隔离效果）
2、上传目录、include类的库文件目录要禁止代码执行（Nginx正则过滤）
3、path_info漏洞修正：
在nginx配置文件中增加：
if ($request_filename ~* (.*)\.php) {
set $php_url $1
}
if (!-e $php_url.php) {
return 404
}
4、重新编译Web Server，隐藏Server信息
5、打开相关级别的日志，追踪可疑请求，请求者IP等相关信息。
二.改变目录和文件属性，禁止写入
find -type f -name \*.php -exec chmod 444 {} \
find -type d -exec chmod 555 {} \
注：当然要排除上传目录、缓存目录等；
同时最好禁止chmod函数，攻击者可通过chmod来修改文件只读属性再修改文件！
三.PHP配置
修改php.ini配置文件，禁用危险函数：
disable_funcions = dl,eval,exec,passthru,system,popen,shell_exec,proc_open,proc_terminate,curl_exec,curl_multi_exec,show_source,touch,escapeshellcmd,escapeshellarg
四.MySQL数据库账号安全：
禁止mysql用户外部链接，程序不要使用root账号，最好单独建立一个有限权限的账号专门用于Web程序。
五.查杀木马、后门
grep -r –include=*.php ‘[^a-z]eval($_POST’ . >grep.txt
grep -r –include=*.php ‘file_put_contents(.*$_POST\[.*\])’ . >grep.txt
把搜索结果写入文件，下载下来慢慢分析，其他特征木马、后门类似。有必要的话可对全站所有文件来一次特征查找，上传图片肯定有也捆绑的，来次大清洗。
查找近2天被修改过的文件：
find -mtime -2 -type f -name \*.php
注意：攻击者可能会通过touch函数来修改文件时间属性来避过这种查找，所以touch必须禁止
六.及时给Linux系统和Web程序打补丁，堵上漏洞
清马1、找挂马的标签，比如有<script language="javasc粻紶纲咳蕺纠告穴梗膜ript" src="网马地址"></script>或<iframe width=420 height=330 frameborder=0
scrolling=auto src=网马地址></iframe>，或者是你用360或病杀毒软件拦截了网马网址。SQL数据库被挂马，一般是JS挂马。
2、找到了恶意代码后，接下来就是清马，如果是网页被挂马，可以用手动清，也可以用批量清，网页清马比较简单，这里就不详细讲，现在着重讲一下SQL数据库清马，用这一句语句“update 表名 set 字段名=replace(字段名,'aaa','')”， 解释一下这一句子的意思：把字段名里的内容包含aaa的替换成空，这样子就可以一个表一个表的批量删除网马。
在你的网站程序或数据库没有备份情况下，可以实行以上两步骤进行清马，如果你的网站程序有备份的话，直接覆盖原来的文件即可。
修补漏洞（修补网站漏洞也就是做一下网站安全。）
1、修改网站后台的用户名和密码及后台的默认路径。
2、更改数据库名,如果是ACCESS数据库，那文件的扩展名最好不要用mdb，改成ASP的，文件名也可以多几个特殊符号。
3、接着检查一下网站有没有注入漏洞或跨站漏洞，如果有的话就相当打上防注入或防跨站补丁。
4、检查一下网站的上传文件，常见了有欺骗上传漏洞，就对相应的代码进行过滤。
5、尽可能不要暴露网站的后台地址，以免被社会工程学猜解出管理用户和密码。
6、写入一些防挂马代码，让框架代码等挂马无效。
7、禁用FSO权限也是一种比较绝的方法。
8、修改网站部分文件夹的读写权限。
9、如果你是自己的服务器，那就不仅要对你的网站程序做一下安全了，而且要对你的服务器做一下安全也是很有必要了！
病毒的危害计算机病毒会感染、传播，但这并不可怕，可怕的是病毒的破坏性。其主要危害有：
1、攻击硬盘主引导扇区、Boot扇区、FAT表、文件目录，使磁盘上的信息丢失。
2、删除软盘、硬盘或网络上的可执行文件或数据文件，使文件丢失。
3、占用磁盘空间。
4、修改或破坏文件中的数据，使内容发生变化。
5、抢占系统资源，使内存减少。
6、占用CPU运行时间，使运行效率降低。
7、对整个磁盘或扇区进行格式化。
8、破坏计算机主板上BIOS内容，使计算机无法工作。
9、破坏屏幕正常显示，干扰用户的操作。
10、破坏键盘输入程序，使用户的正常输入出现错误。
11、攻击喇叭，会使计算机的喇叭发出响声。有的病毒作者让病毒演奏旋律优美的世界名曲，在高雅的曲调中去杀戮人们的信息财富。有的病毒作者通过喇叭发出种种声音。
12.干扰打印机，假报警、间断性打印、更换字符。
在计算机病毒出现的初期，说到计算机病毒的危害，往往注重于病毒对信息系统的直）接破坏作用，比如格式化硬盘、删除文件数据等，并以此来区分恶性病毒和良性病毒。其实这些只是病毒劣迹的一部分，随着计算机应用的发展，人们深刻地认识到凡是病毒都可能对计算机信息系统造成严重的破坏。
计算机病毒的主要危害
计算机病毒的主要危害有：
1．病毒激发对计算机数据信息的直接破坏作用
大部分病毒在激发的时候直接破坏计算机的重要信息数据，所利用的手段有格式化磁盘、改写文件分配表和目录区、删除重要文件或者用无意义的“垃圾”数据改写文件、破坏CMO5设置等。
磁盘杀手病毒（D1SK KILLER），内含计数器，在硬盘染毒后累计开机时间48小时内激发，激发的时候屏幕上显示“Warning!! Don'tturn off power or remove diskette while Disk Killer is Prosessing！” （警告！D1SK KILLER ll1在工作，不要关闭电源或取出磁盘），改写硬盘数据。被D1SK KILLER破坏的硬盘可以用杀毒软件修复，不要轻易放弃。
2．占用磁盘空间和对信息的破坏
寄生在磁盘上的病毒总要非法占用一部分磁盘空间。
引导型病毒的一般侵占方式是由病毒本身占据磁盘引导扇区，而把原来的引导区转移到其他扇区，也就是引导型病毒要覆盖一个磁盘扇区。被覆盖的扇区数据永久性丢失，无法恢复。
文件型病毒利用一些DOS功能进行传染，这些DOS功能能够检测出磁盘的未用空间，把病毒的传染部分写到磁盘的未用部位去。所以在传染过程中一般不破坏磁盘上的原有数据，但非法侵占了磁盘空间。一些文件型病毒传染速度很快，在短时间内感染大量文件，每个文件都不同程度地加长了，就造成磁盘空间的严重浪费。
3．抢占系统资源
除VIENNA、CASPER等少数病毒外，其他大多数病毒在动态下都是常驻内存的，这就必然抢占一部分系统资源。病毒所占用的基本内存长度大致与病毒本身长度相当。病毒抢占内存，导致内存减少，一部分软件不能运行。除占用内存外，病毒还抢占中断，干扰系统运行。计算机操作系统的很多功能是通过中断调用技术来实现的。病毒为了传染激发，总是修改一些有关的中断地址，在正常中断过程中加入病毒的“私货”，从而干扰了系统的正常运行。
4．影响计算机运行速度
病毒进驻内存后不但干扰系统运行，还影响计算机速度，主要表现在：
（1）病毒为了判断传染激发条件，总要对计算机的工作状态进行监视， 这相对于计算机的正常运行状态既多余又有害。
（2）有些病毒为了保护自己，不但对磁盘上的静态病毒加密，而且进驻内存后的动态病毒也处在加密状态，CPU每次寻址到病毒处时要运行一段解密程序把加密的病毒解密成合法的CPU指令再执行； 而病毒运行结束时再用一段程序对病毒重新加密。这样CPU额外执行数千条以至上万条指令。
（3）病毒在进行传染时同样要插入非法的额外操作，特别是传染软盘时不但计算机速度明显变慢， 而且软盘正常的读写顺序被打乱，发出刺耳的噪声。
5．计算机病毒错误与不可预见的危害
计算机病毒与其他计算机软件的一大差别是病毒的无责任性。编制一个完善的计算机软件需要耗费大量的人力、物力，经过长时间调试完善，软件才能推出。但在病毒编制者看来既没有必要这样做，也不可能这样做。很多计算机病毒都是个别人在一台计算机上匆匆编制调试后就向外抛出。反病毒专家在分析大量病毒后发现绝大部分病毒都存在不同程度的错误。
错误病毒的另一个主要来源是变种病毒。有些初学计算机者尚不具备独立编制软件的能力，出于好奇或其他原因修改别人的病毒，造成错误。
计算机病毒错误所产生的后果往往是不可预见的，反病毒工作者曾经详细指出黑色星期五病毒存在9处错误， 乒乓病毒有5处错误等。但是人们不可能花费大量时间去分析数万种病毒的错误所在。 大量含有未知错误的病毒扩散传播，其后果是难以预料的。
6．计算机病毒的兼容性对系统运行的影响
兼容性是计算机软件的一项重要指标，兼容性好的软件可以在各种计算机环境下运行，反之兼容性差的软件则对运行条件“挑肥拣瘦”，要求机型和操作系统版本等。病毒的编制者一般不会在各种计算机环境下对病毒进行测试，因此病毒的兼容性较差，常常导致死机。
7．计算机病毒给用户造成严重的心理压力
据有关计算机销售部门统计，计算机售后用户怀疑“计算机有病毒”而提出咨询约占售后服务工作量的60％以上。经检测确实存在病毒的约占70％，另有30％情况只是用户怀疑，而实际上计算机并没有病毒。那么用户怀疑病毒的理由是什么呢？多半是出现诸如计算机死机、软件运行异常等现象。这些现象确实很有可能是计算机病毒造成的。但又不全是，实际上在计算机工作“异常”的时候很难要求一位普通用户去准确判断是否是病毒所为。大多数用户对病毒采取宁可信其有的态度，这对于保护计算机安全无疑是十分必要的，然而往往要付出时间、金钱等方面的代价。仅仅
怀疑病毒而冒然格式化磁盘所带来的损失更是难以弥补。不仅是个人单机用户，在一些大型网络系统中也难免为甄别病毒而停机。总之计算机病毒像“幽灵”一样笼罩在广大计算机用户心头，给人们造成巨大的心理压力，极大地影响了现代计算机的使用效率，由此带来的无形损失是难以估量的。
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