如何用imagej分析免疫组化平均光密度值

1、打开Image-Pro Plus 6.0软件，点击右下方的Done。点击file，点击open，打开你要选择组化图片，点击打开，得到如图所示。

2、点击file那一排的measure，选择calibration右侧下方的intensity。点击OD旁边的new，点击std. optical density，点击options，

3、点击255旁边的image，弹出如图所示对话框，点击图中空白地方，点击ok键。将incidental level改成255。

4、继续点击ok，点红色x，关闭。点击measure→count/size。

5、点击selecte colors，点击最左边像笔的图标，选免疫组化图片阳性蛋白表达区域，选择完毕，点击close。

6、点击表格中的view，选择statistic。得到mean那一栏和iod交叉的数值，就是mean of iod。

下载并打开ImageJ软件。

导入WB条带图片：File→Open→找到WB条带。

把图片转化成灰度图片：Image→Type→8-bit。

消除图片背景的影响：Process→SubtractBackground，在弹出的对话框中，填上50基本就可以了，并勾上Lightbackground，点击OK。此时图片背景会变白一些。设置定量参数：Analyze→SetMeasurements。在弹出的对话框中勾选Area、Meangrayvalue、Min&maxgrayvalue、Integrateddensity。设置单位：Analyze→SetScale。在弹出的对话框“Unitoflength”后面填上“pixels”，其他的不用改动。把WB图片转换成亮带：Edit→Invert。选择菜单栏下的不规则圆形工具，将圆圈手动拉倒第一条带，并尽量将条带都圈起来。当测定完所有条带，选结果中的“Edit”的“SelectAll”，然后复制数据“IntDen”到Excel表即可进行分析。也可以直接在Results对话框中，选择File→Saveas，直接导出excel表格。

我能说我会用嘛、、、、而mageJ是个好东西……（省略1000字）给个采纳！！总地来说对我们的好处是：1、免费2、多功能，基本功能就很多，加上插件可以说得上是无限多（前提是你找得到，而且会用），真的没有的功能还能自己做个插件（一般我们倒是没这个闲功夫，基本好插件都是老外做出来的）3、分析处理的结果比较受到普遍承认且还有截图关于如何使用。。。题1、安装后首先打开ImageJ：2、打开要分析图片：File>open（热键为Ctrl+O）3、转换成8bit的灰度图：Image>Type>8-bit4、黑白反转（因为对于光密度（OD）来说越白数值越小，纯白为0；越黑数值越大，纯黑理论上是无限大。因此我们需要将上一步所转换的灰度图进行黑白反转，不然的话测出来的数值就会荧光越亮反而数值越小）：Edit>Invert（热键为Ctrl+Shift+I）下为从左到右分别为原图、8bit灰度图及反转后的图：5、校正光密度（软件默认为测量灰度，因此我们要改为更加适用的光密度，其中原理不是一两句话能说得清的，这里忽略）：Analyze>Calibrate在弹出来的界面的Function选择UncalibratedOD，并下界面左下方勾选Globalcalibration，然后点击右下角的OK点击OK后会跳出校正后的光密度曲线：如不勾选Globalcalibration，光密度的校正只对这张图片有效，一般分析都要分析多张图片，所以需要勾选，勾选后在打开另一图片时会提示是否将此校正应用于所有图片，不勾选DisableGlobalCalibration，勾选DisabletheseMessages6、选择测量单位（一般选择象素，如有明确的比例，也可以选择相应单位）：Analyze>Setscale点击后在弹出的界面里点击中间的clicktoRemoveScale，并勾选下面的Global（同样的，如不选Global这个测量单位的选择只对这张图片有效），最后点击OK7、选择测量项目：Analyze>SetMeasurements在弹出界面中选择我们需要测量的项目Area、Integrateddensity，并勾选下面的Limittothreshold（这个选项是指只测量我们选中的范围，如不勾选侧会测量整张图片数据），选择后点击OK8、选择测量域值：Image>Adjust>Threshold（热键为Ctrl+Shift+T）滑动弹出界面中间的滑块选择适合的域值，以使的你图片中的细胞或待测目标刚好全部被选中，选好之后点击右下角的Set在弹出来的界面点击OK9、测量：Analyze>Measure（热键为Ctrl+M或直接按M）10、记录数据并计算：结果中的Area为选择范围的面积，如果是测量的是细胞的话就是细胞在图中的面积；IntDen就是所选范围的IOD（光密度的总和）。结果界面中的数据可以复制到Excel等软件中进行计算。用IntDen的数值除以Area的数值得出来的就是这张图片中细胞的平均光密度，以这张图片的数据为例，即：18854/179252=0.105181532（/pixel）同法测量多张图的平均光密度值后就可以进行半定量比较。以下附上分别应用Image-ProPlus及ImageJ对五张图片进行分析的结果对比：从结果的对比看来ImageJ与IPP（Image-ProPlus）的分析结果是基本一致的

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