空谷临风
病毒进化
该文章仅适合伯乐(BIO-RAD)仪器的qPCR实验及数据分析
荧光定量(qPCR)程序运行
创建一个新的程序,或者选已经创建好的文件,下一步
选择正确的板子类型,下一步
直接点击Start Run
数据分析
1 使用伯乐的CFX Maestro软件直接查看
选择Gene Expression——Plate Setup——view plate
选中PCR孔,
Target Names是组名填基因的名字或者是管家/内参基因(Actin)
Sample Names填样品的名称
关掉表格,选择是
选择Actin作为内参基因,点击OK
就可以用软件查看基因表达量了。
2 将运行的结果导出,用GraphPad展示
将下边这部分数据导入到GraphPad
选择Mean &SEM
将Expression的数据填入Mean列,将Corrected Expression SEM填入SEM列
点击表格对应的Graphs。
一、原理
DNA的半保留复制是生物进化和传代的重要途径。双链DNA在多种酶的作用下可以变性解旋成单链,在DNA聚合酶的参与下,根据碱基互补配对原则复制成同样的两分子拷贝。
在实验中发现,DNA在高温时也可以发生变性解链,当温度降低后又可以复性成为双链。因此,通过温度变化控制DNA的变性和复性,加入设计引物,DNA聚合酶、dNTP就可以完成特定基因的体外复制。
但是,DNA聚合酶在高温时会失活,因此,每次循环都得加入新的DNA聚合酶,不仅操作烦琐,而且价格昂贵,制约了PCR技术的应用和发展。
耐热DNA聚合酶-Taq酶的发现对于PCR的应用有里程碑的意义,该酶可以耐受90℃以上的高温而不失活,不需要每个循环加酶,使PCR技术变得非常简捷、同时也大大降低了成本,PCR技术得以大量应用,并逐步应用于临床。
PCR技术的基本原理类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性-退火-延伸三个基本反应步骤构成:
1、 模板DNA的变性:模板DNA经加热至93℃左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备;
2、 模板DNA与引物的退火(复性):模板DNA经加热变性成单链后,温度降至55℃左右,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合;
3、 引物的延伸:DNA模板-引物结合物在72℃、DNA聚合酶(如TaqDNA聚合酶)的作用下,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基互补配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板DNA链互补的半保留复制链;
重复循环变性-退火-延伸三过程就可获得更多的“半保留复制链”,而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需2~4分钟,2~3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。
二、应用
1、基因表达分析:例如结核分岔杆菌(Mycobacterium tuberculosis)是一种生长相当缓慢的细菌,传统培养及鉴定一般需要花数周时间。
2015年时Watanabe Pinhata和Cergole-Novella以自己发展的real time PCR检测mpt64,直接检测病人痰液中的结核分岔杆菌,分析715个检体657个病人,其检测灵敏度(sensitivity)及特异性(specificity)分别为90.3%及98.6%。
整个实验流程可以在5个小时内完成,此方法可以用于没有套装试剂(kit)可以使用的实验室。
2、检验生物芯片的结果;
3、siRNA与miRNA诊断;
4、基因型鉴定;
5、饮食分析;
6、兽医微生物检测。
特点
1、荧光实时定量PCR的基本原理有两个要点:首先是对PCR反应中的每一个循环的反应产物进行实时检测并记录下来;
其次,用于检测PCR产物实时检测的荧光染料标记在一段可以与单链PCR产物(模板)特异性杂交的探针上,并且处于淬灭状态,只有当探针与模板特异性结合以后才有可能释放出荧光信号。
2、每一轮循环中PCR的产出量都以荧光信号的形式被PCR仪的光学检测系统记录下来,在某一循环中荧光信号的强度达到预先设定的阈值时,此时的循环数称为CT(Threshold Cycle),Ct值与起始的模板量成反比,起始的核酸量越多,达到阈值的循环数就越少,换句话说CT值会越小。
如果要确定量的话,需要做出标准曲线,以Ct值为纵坐标,起始模板数为横坐标作图。在新的MIQE规范中Ct这个惯用的名词被重新定义为Cq值(quantification cycle)。
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