2. 数据总览

通过Rank Abundance曲线、稀释曲线、物种累积箱形图(species accumulation boxplot)和物种堆叠柱状图可视化展示，从样本丰富度、测序深度和样本个数三个方面全面评估总体实验设计、采样个数、测序情况，对扩增子数据获得初步认识。

Rank Abundance曲线是将样品中的OTUs/ASVs的相对丰度(或绝对丰度)由大到小排序，并以排序编号为横坐标，OTUs中的相对丰度为纵坐标绘制得到，它可直观的反映样本中物种的丰富度和均匀度。在水平方向上，物种的丰富度由曲线的宽度来反映，物种的丰富度越高，曲线在横轴上的跨度越大；在垂直方向上，曲线的平滑程度，反映了样品中物种的均匀程度，曲线越平缓，物种分布越均匀。

简单来说，在rank abundance 曲线中每一条垂直的线代表一个OTU/ASV，可以理解为一种菌，每一条垂直线右侧的水平线（即楼梯的平台）表示该菌种含量。另外，曲线的平缓程度反映了样品中物种的均度，曲线越平缓，物种分布越均匀，曲线越陡，物种分布越不均匀。

具体做法，首先每个样本中的OTU按丰度大小降序排列。然后以横坐标为各OTU的排列顺序，纵坐标为各OTU的丰度（最好使用相对丰度，并做对数转化）绘制图形。

数据样式： 常见OTU丰度表，列为样本，行为OTU，交叉区域为每种OTU在各样本中的丰度。

稀释曲线(Rarefaction curves)是从样品中随机抽取一定测序量的数据(序列条数)，统计它们所对应的OTUs/ASVs种类(代表物种)，并以抽取的测序数据量与对应的OTUs/ASVs种类来构建曲线。一般情况下，横坐标代表随机抽取的序列数量，纵坐标代表观测到的OTUs/ASVs种类数量，样本曲线的延伸终点的横坐标位置为对应样本的测序数量。

稀释曲线可直接反映测序数据量的合理性，并间接反映样品中物种的丰富程度和样本特性，当曲线趋向平坦时，说明测序数据量渐进合理，更多的数据量只会产生少量新OTUs/ASVs(物种)；反之表明不饱和，增加数据量可以发现更多OTUs/ASVs。

数据样式： 常见OTU丰度表，列为样本，行为OTU，交叉区域为每种OTU在各样本中的丰度， 可以将rarecurve的数据提取出来美化

物种累积箱形图(species accumulation boxplot)是描述物种多样性随着样本个数的增加而增加的分析，是调查和预测样本中物种丰度的有效工具，被广泛用于判断样本量是否充分以及估计物种丰富度。

当样本个数较少时，物种随着抽样个数的增加呈现急剧上升的趋势，可以推断此前发现的物种并不全面，随着样本量增加，还能继续发现新的物种，此时并不能表征整个群落结构；随着样本个数增加，曲线上升趋势趋于平缓，表明采样量足够。

数据样式： 常见OTU丰度表，列为样本，行为OTU，交叉区域为每种OTU在各样本中的丰度。

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虽然存在误差，但不会太大，还是可以作为参考。

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