基因是看不见的,一般把dna切断成大小不同的片段,将这些小片段纯化出来,通过化学方法将这些小片段分解为单个核苷酸,利用水解顺序推断基因序列.
扫描电镜(SEM)是介于透射电镜和光学显微镜之间的一种微观形貌观察手段,可直接利用样品表面材料的物质性能进行微观成像。扫描电镜的优点是,①有较高的放大倍数,20-20万倍之间连续可调;②有很大的景深,视野大,成像富有立体感,可直接观察各种试样凹凸不平表面的细微结构;③试样制备简单。 目前的扫描电镜都配有X射线能谱仪装置,这样可以同时进行显微组织形貌的观察和微区成分分析,因此它是当今十分有用的科学研究仪器。
有时候会有这样的分析需求,拿到两个基因,或者两个基因list,虽然它们是不同的基因的,但是可以提一个问题,它们之间的功能注释上有没有相似性呢?
特别是,我以前比较两个基因List,只是看它们之间有多少overlap,如果overlap小,则说明这两个gene list很不一样。但是实际上并不是这样的。有可能这两个gene list中的基因是有着相似的功能,只不过是gene ID不相同罢了。这时候,GOsemsim包就派上用场了。
GOsemsim: semantic similarity measurement based on Gene ontology,也就是用基因注释的方法来分析不同的基因或者基因list的相似性。
主要函数如下:
下次再比较不同gene或者gene list的时候,就可以用这个包试试,算出的值越倾向于1,则表明这两个gene list或者gene越相似。
欢迎分享,转载请注明来源:夏雨云
评论列表(0条)