火起来的“相分离”是什么?

火起来的“相分离”是什么?,第1张

相分离或者说相变(Phase separation,Phase Transition)是目前比较火的一个研究领域,已有的研究表明相分离在细胞中普遍存在,与基因组的组装、转录调控可能密切相关,相分离的失调可能是一些疾病(如神经/肌肉退行性疾病)发生的病因,相关领域的科学家也开始通过相分离这个视角重新审视相关疾病,通过干扰异常“相分离”来达到治疗相关疾病的目的。

虽然最近经常听到“相分离”相关研究的讨论,但是对这个概念和它的应用依然很抽象。所以打算通过几篇文献简要了解下相分离的相关知识,主要从以下几方面总结:

相分离或者相变(Phase separation)描述的是一种细胞里不同成分间相互碰撞、融合形成液滴,从而使一些成分被包裹在液滴内,一些成分被阻隔在液滴外的现象,类似于水油相混,或者可以想象成下雨天伞上的雨滴逐渐滴落的过程。这种现象在液体之间是常见的,但是,2009年,Brangwynne和Hyman关于线虫P颗粒的研究,发现P颗粒(一种蛋白质)并非像我们通常认为的是一种固体,而是像液滴一样,相互碰撞融合,剧烈摇晃后会分散成很小的液滴,而后又很快地融合形成大液滴。之后科学家发现细胞内的许多无膜细胞器——核仁、Cajal bodies、stress granules、miRISC,及突触的细胞骨架——都是特定的蛋白质/RNA的相变。

细胞内的相分离:

人们认为细胞内成分能够通过“相分离”的方式相互分开,实现多种生物学功能。“相分离”一旦发生异常,就可能造成疾病。

从2009年以后,“相分离”的研究开始出现。2011年,Hyman, Mitchison 和 Brangwynne发现核仁也有这种液滴现象。一年后,德克萨斯大学西南医学院的结构生物学家 Michael Rosen 和生物化学家Steven McKnight在实验的试管中发现RNA和蛋白质分子间存在较弱的作用力,彼此相互靠近,形成液滴类的物质。他们的研究与之前Brangwynne 和Hyman’s 的工作不同的是证明了相分离可以在试管中通过简单的生化反应重现。真正的研究热潮大概是从2015年初,加拿大多伦多儿童医院的结构生物学家Julie Forman-Kay团队发现,一种可能影响精子功能的蛋白质在人体细胞内形成液滴。2015年底,已有多项研究发现动物蛋白质存在相分离现象。

2018年的现状

不完全统计(需要补充),2018年CNS上已发表十几篇文章。

随着相分离的研究逐渐增多,研究人员发现相分离在无膜器官的形成 ,信号转导、细胞骨架、超分子组装、基因的激活等扮演着功能,相分离异常可能导致疾病,如神经退行性疾病、肿瘤、衰老等。

许多真核生物的转录因子包含天然的、无序的、低复杂序列区域( low-complexity sequence domains ,LCDs),但是这些LCD如何驱动转录激活还不清楚。这篇文章中研究者用活细胞单分子成像技术揭示了TF LCDs在外源性和内源性的基因组位点形成高度集中的相互作用中心。TF LCD hubs固定DNA的结合,招募RNA Pol II, 激活转录。hubs内LCD-LCD间的相互作用是高度动态的、并且选择性的结合辅因子,对己二酮的破坏敏感性也不同。在生理条件下,快速可逆的LCD-LCD相互作用发生在TF和RNA Pol II之间,没有检测到相分离。他们的发现可能揭示了转录调控的一种基本机制,同时也体现出了单分子成像技术在开发与疾病相关的基因调控相互作用的靶向药物中具有广阔的应用前景。

用到的技术和方法:

超级增强子(super-enhancer,SE)是由连续排列的增强子串联形成的增强子簇,决定细胞特性和功能的大多数关键基因附近通常伴随着出现超级增强子。这篇文章表明转录共激活因子BRD4和MED1可以在超级增强子处发生相分离形成液滴,将转录机器聚集在超级增强子附近,实现转录过程的区室化反应,其中内在无序区域(intrinsically disordered regions,IDRs)在相分离过程中发挥关键作用,这项研究为超级增强子通过相分离调控基因表达的模型提供了实验证据,也对细胞命运决定和疾病发生过程中关键基因的表达调控过程提供了全新的视角和概念。

这篇文章报道了转录因子OCT4和GCN4的转录激活结构域通过与转录中介体复合物Mediator发生液-液相分离激活基因表达,这项研究为我们进一步理解数百种其它的转录因子的功能机理,以及发育和疾病过程中基因表达调控机制提供了新思路。

相分离相关的技术有成像技术,首先必须有方法可以观察到这种相分离的过程;二是如何调控从而影响相分离过程的技术。

2017年,Brangwynne团队构建了一个光控系统(OptoDroplets),通过改变光的剂量,调控活细胞内不同液体成分的聚集程度,使液滴出现或消失。

2018年,Brangwynne团队又设计了CasDrop系统,可以定量、定位地研究多种蛋白的相分离现象。

刚刚了解这个领域,相关文章没有细读,如有错误,欢迎指出。

已经断开的的试样可以用锯子把断裂截面切下来(1cm左右厚),然后就可以放到SEM里观察了。至于没断开,仅仅开裂的试样,恐怕只能从式样表面观察一下了,同样也是用句子把含有裂纹的部分切下来即可。时间久了的最大问题是氧化,但是作为SEM观察,其实氧化也无所谓了,重要的是注意,别把断口碰了,以免裂纹表面形貌损坏。关于寻找裂纹源其实很简单,疲劳端口上通常分为裂纹起始区,裂纹扩展区和瞬断区。裂纹起始区用肉眼看往往呈现为一个光亮的小点,在材料表面或者表面以下一点点的地方。如果楼主在断口上看到有放射状分布纹理,那么这些纹理发散开去的方向是裂纹扩展的防线,这些纹理汇聚的点就是疲劳源了。 查看>>

        SEM入门有3个多月,从一窍不通的小白到现在初级入门菜鸟,正在不断学习和积累中,也有了自己一点小小的总结和感悟。有任何不正确的地方,欢迎指正~

  “漏斗原理”其实在很多领域都有涉及和应用,比如销售行业的销售漏斗。在SEM中,漏斗模型是最重要的一个模型,也是日常分析问题最主要的思路。SEM的漏斗模型主要以用户浏览或使用过程划分,对应搜索营销的各个环节,构成要素分为以下:

1、展现量

        展现量即关键词展现在用户前的次数,是漏斗原理的第一层。

        影响展现量的因素主要分为3个:账户整体设置、关键词、网民搜索量。在账户整体设置方面,账户的投放地域、时段对展现影响较大。投放地域多、全天投放,账户的展现自然就高;在关键词方面,影响最大的是关键词的匹配模式。在百度搜索推广中,匹配模式主要分为广泛、短语-核心、短语-同义、短语-精确、精确5中,匹配模式越宽,展现越大;此外就是关键词的排名和数量。

2、点击量

        点击即网民看到搜索推广后的点击次数。

        影响因素主要分为2个:关键词、创意。关键词的排名是影响点击量的主要因素,此外,关键词的展示样式也是很大的一个因素,如闪投的点击率一般会高于普通创意(可见颜值的重要性)。创意方面,流畅影响链接对网民的吸引程度。创意还与账户的结构有关,因为创意以单元为单位,账户结构越合理,单元的关键词越相像,创意也就越流畅。

3、访问量

        访问量即网民到达网页的次数,此时已经脱离SEM范围,主要与网页的网文时差、UI有关。

4、咨询量(注册量)

        对于一些行业来说,这一层为咨询量,如教育行业的访问咨询,其他对于搜索推广的目的是用户注册的公司来说,这一层级即为注册量。

        影响网民注册的因素主要有:loading page。其他如网页的访问时长等已经脱离了SEM的范围,而loading page是SEM所需要优化的。

5、订单量

        订单量靠的是产品或者销售了。

        以上是SEM中的漏斗原理,用户随着漏斗的层级一层一层流失,为了最后的订单量(或者注册量、咨询量)足够多,需要把从展现开始的每个层级尽可能做大,并且减小流失率。

        在操作账户过程中,总会遇到各种各样的问题,这些问题很大一部分都需要用漏斗原理来思考和解决,因此对漏斗原理的一些过程指标以及他们到底对应我们日常数据中的哪一项、最终的影响结果是什么都需要掌握,这样在账户有问题时,才不至于无从下手纸上谈兵。

        按照漏斗原理(这里以app注册推广为例),在转化过程中需关注的过程指标有:点击率、点击注册率、买单率,在推广的结果中需关注:ACP、注册成本、人均付费。

1、点击率

        点击率=点击/展现

        影响点击率的因素即为影响点击与展现的因素。主要分为关键词排名、创意质量度。关键词排名越高,点击越多;创意质量度越高,越吸引用户点击。

        落实到优化措施中,提高关键词排名则需要调整关键词的质量度和出价;提高创意质量度则通过修改创意,让创意中的通配符与单元里的关键词更加吻合。

2、点击注册率=注册/点击

        点击注册率是考量投放效果好坏的一个重要指标。影响的因素主要有关键词匹配方式、loading page、网页访问速度。其中网页访问速度不是投放人员所能控制,因此先不说;关键词的匹配方式影响所带来的搜索词,匹配方式越宽泛,带来的搜索词越多越杂,引起了无效点击;loading page的UI和内容是否能引导用户进行下一步的动作,对点击注册率也有很大的影响。

        落实到优化措施中,通过查看搜索词报告和关键词报告,来进一步优化关键词的匹配方式,让流量更精准的流入到各个关键词中;对于loading page,则通过A/B test来测试不同页面的注册率,优选注册率高的。

3、买单率

        买单率=买单人数/注册人数

        买单率其实代表投放的准确度和用户质量的高低,投放越精准,带来的用户质量越高(即为目标用户),则买单率自然不会低。所以我个人觉得这是一个衡量投放整体情况的指标。当买单率较低时,因为搜索账户目前没有定向方式,因此可以看注册用户的用户属性,通过调整用户属性来优化投放。

4、ACP

        ACP就是平均点击价格,ACP=消费/点击次数

        当ACP提高时,不可避免的注册成本就会提高,因此ACP可以说是注册成本的另一种形式的表达。如果账户中ACP提高,但注册成本并没有多大变化,那么账户中一定有注册成本很小的词存在。这也给投放优化带来了一点难度。

        ACP的影响因素有:关键词出价、其他竞争对手的关键词出价、关键词质量度。在百度搜索推广中,关键词的点击成本有一个计算公式,公式里包含的因素即为上面罗列的这三个。

5、注册成本

        注册成本=消费/注册

        注册成本是搜索推广中非常重要的一个指标,成本的高低直接影响最后的账户回本。注册成本的影响因素比较多,也比较复杂,因为注册成本是一个综合性的指标。

        影响注册成本的原因可能有:ACP、点击注册率。因此可根据ACP与点击注册率的影响因素进行调整。

        在投放过程中,最主要的是有一个思考的逻辑,发现问题,接着一步一步分析问题,找出影响因素后,再对应到数据指标中,由数据指标最后对应到优化操作。


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