生信分析平台搭建（十七）：服务器配置

熟悉完虚拟机配置服务器之后，就可以尝试上手搭建实体服务器了，如果要选购服务器，应该考虑哪些因素呢？如果不差钱，那就好办了，直接选最贵的就好了。在预算有限的条件下。CPU，内存，硬盘如何取舍，达到最佳性能，是否需要购买UPS，显卡是否有必要？这些问题，我们一文解决这些疑问。

二十二：服务器配置

1、CPU

CPU是计算机的大脑，计算机的计算主要就是靠CPU来完成，所以，CPU非常重要，CPU的计算速度决定了计算机的计算能力。也就是水桶效应中最上面的那块木板。比如序列拼接这个工作，需要将测序的reads切成更小 的片段，然后将这些小片段根据序列间的关系，连成更长的片段，那么这些片段有数百万至数千万，需要非常大的计算量。如果数据复杂，计算量就更大了。

另外，CPU还需要支持多核心，CPU是大脑，一个核心是一个心眼儿，所以，我们知道心眼越多的人越聪明。多核心就可以进行并行计算，在生物信息分析中，有些工作，可以进行并行计算。相当于原来一个人的工作，现在由100个同样的人来做，理论上速度快了100倍。因此，在硬件配置中，选择CPU是非常重要的。

2、内存

内存是CPU和硬盘之间数据交流的媒介，计算机需要将存储在硬盘上的数据读取到内存中，CPU才能用来计算，而CPU不能直接读取硬盘上的数据，必须通过内存这个缓冲区，举个例子，CPU是大脑，内存是脖子，脖子以下是硬盘。内存往往就是“瓶颈”。

假设一个人的全基因组测序数据，采用二代测序的方法，人的基因组3G，10被数据30G，那么这30G的碱基，在切成更小的kmer，假设数据增加到了100G，还不算存储序列的一些其他信息，序列拼接的时候必须一次将所有数据同时存入内存，如果内存达不到100G，拼接根本无法完成。

3、硬盘

硬盘其实是计算机硬件配置中非常重要的一环，但是硬盘往往容易被大家忽略掉，认为硬盘用来存储数据，只要需要足够大就行了，这是不对的。

首先大存储量是必须的，因为生物数据往往都称为生物大数据，非常消耗存储空间，包括原始的数据存储，中间分析结果，最终结果，数据备份等，尤其是在样品量大的时候，就会非常占据存储空间，一般都是以T为单位的。

其次，硬盘的读写速度，这个也是非常重要的因素，因为目前CPU计算速度和内存已经足够大了，这样的条件下，硬盘成为限制计算机整体性能的因素。因此使用SSD硬盘会明显改善计算机性能。由于目前SSD过于昂贵，可以选择SSD+机械硬盘的方案，硬盘要做成RAID提高读写速度和数据安全性。

4、显卡

可以选配显卡，这个并不是必须的，因为很多分析工作都是文本操作，显卡适合于图形计算，例如计算蛋白质空间结构，构建系统网络等，可以选择配置显卡。

5、不间断电源UPS

UPS相当于一个大的移动电源，为了防止突然断电，导致数据丢失。UPS还是非常重要的。有些生物计算需要持续很长时间，例如拼接一个大的基因组，构建一个大的系统发育树等可能数十天时间，一旦断电，损失非常大，不要心存侥幸心理，灾难往往就发生在那些心存侥幸心理的人身上。

6、其他

冷却系统，如果是大型计算系统，设备会产生大量热量，需要建设冷却系统。

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两种情况：

一是局域网使用。用WINDOWS 2003就行了。

二想在互联网上用，就是你说的SERV-U，这是目前我知道最好的解决方案了。再就是VPN，这种访问速度太慢。

2003的方案我先告诉你吧。SERV-U其实也很简单，可以按向导一步一步做下去就行了，这有个网址有详细步骤，http://www.serv-u.cn/tech_9.htm。如果不明白上我间或者给我留言，我可以告诉你。

window server 2003文件服务器要求达到如下目标：

1． 网络管理员对所有共享文件夹都拥有完全控制权；

2． 所有员工对公共文件夹只拥有读取权限；

3． 每位员工只对自己的私人文件夹拥有完全控制权，且不能读取其他员工的文件夹；

4． 每位员工所能使用的磁盘空间有一定限制，并且已用空间达到一定程度后会得到警告。

创建用户和文件夹：

根据经理提出的目标，阿昊首先为每位员工创建用户账户，并且在磁盘的NTFS分区中规划合理的文件夹结构。私人文件夹以员工姓名命名，在域中添加用户的过程简述如下：

1. 依次单击“开始/管理工具/Active Directory用户和计算机”，在打开窗口的左窗格中右击“Users”容器，执行“新建/用户”命令。

2. 在打开的“新建对象→用户”对话框中键入用户登录名（如“hongxiaowei”）和用户的全称（如“洪晓卫”）。单击“下一步”按钮，在密码设置选项卡中设定密码并依次单击“下一步/完成”按钮。重复此过程创建其他用户（如图1）。

图1 创建用户账户

安装文件服务器：

因为在默认情况下Windows Server 2003并没有安装“文件服务器”组件，因此阿昊手动将这些组件添加了进来。

1. 依次单击“开始/管理工具/管理您的服务器”，打开“管理您的服务器”窗口。在“管理您的服务器角色”区域中单击“添加或删除角色”按钮，进入配置向导并单击“下一步”按钮。

2. 配置向导检测完网络设置后打开“服务器角色”选项卡。在“服务器角色”列表中选中“文件服务器”选项，并单击“下一步”按钮。

3. 在打开的“文件服务器磁盘配额”选项卡中勾选“为此服务器的新用户设置默认磁盘空间配额”复选框，然后根据磁盘剩余空间及用户实际需要在“将磁盘空间限制为”和“将警告级别设置为”编辑框中键入合适的数值。另外，勾选“拒绝将磁盘空间给超过配额限制的用户”复选框，可以禁止用户在其已用磁盘空间达到限额后向服务器写入数据。单击“下一步”按钮（如图2）。

图2 设置磁盘配额

4. 在“文件服务器索引服务”选项卡中点选“是，启用索引服务”单选框，启用对共享文件夹的索引服务。索引服务对服务器资源的开销很大，建议只有在用户需要经常搜索共享文件夹的情况下才启用该服务，单击“下一步”按钮。

5. 打开“选择总结”选项卡，确认选项设置准确无误后单击“下一步”按钮。添加向导开始启用所选服务，完成后会自动打开“共享文件夹向导”。单击“下一步”按钮。

6. 在打开的“文件夹路径”选项卡中单击“浏览”按钮，从本地磁盘中找到“公共资源”文件夹，单击“确定/下一步”按钮。在“名称、描述和设置”选项卡中设置共享名（如“公共资源”），单击“下一步”按钮。

7. 在“权限”选项卡中点选“管理员有完全访问权限；其他用户有只读访问权限”单选框，并依次单击“完成/关闭/完成”按钮结束设置（如图3）。

图3 指定权限

设置私人文件夹访问权限：

在阿昊的不懈努力下，现在所有员工已经拥有了对“公共资源”的读取权限。然而经理还要求每位员工只对自己的私人文件夹拥有完全控制权，且不能读取其他员工的文件夹，因此阿昊又针对每个私人文件夹进行了访问权限的设置。

1. 依次单击“开始/管理工具/文件服务器管理”菜单项，打开“文件服务器管理”控制台。在右窗格中单击“添加共享文件夹”选项，进入“共享文件夹向导”。依次单击“下一步/浏览”按钮，在打开的“浏览文件夹”对话框中找到并选中某位员工的私人文件夹（如“洪晓卫”），依次单击“确定/下一步/下一步”按钮。

2. 在打开的“权限”选项卡中点选“使用自定义共享和文件夹共享”单选框，并单击“自定义”按钮。在打开的“自定义权限”对话框中单击“删除”按钮将“Everyone”组删除。依次单击“添加/高级/立即查找”按钮，然后按住“Ctrl”键，在“搜索结果”列表框中找到并选中“Administrators”组和“洪晓卫”，依次单击“确定/确定”按钮。

3. 回到“自定义权限”对话框，分别为“洪晓卫的权限”和“Administrators的权限”勾选“允许 完全控啤备囱】颍 ⒁来蔚セ鳌叭范?完成/关闭”按钮。重复上述步骤为其它文件夹设置相应的访问权限（如图4）。

图4 设置用户权限

为了验证所做设置的正确性，阿昊让晨晨在一台运行Windows XP的客户机使用已经添加到域中的用户（如“hongxiaowei”）登录到域。晨晨通过“网上邻居”（也可通过UNC路径）可以读取“公共资源”文件夹中的文件，并且可以完全控制“洪晓卫”文件夹，但无法读取其他员工的私人文件夹。

这个是有图的，这里贴不上去，到我空间看吧。

http://hi.baidu.com/cylbox/blog/item/ff49e11fc95802c3a78669c2.html

希望能帮到你。

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