生信分析平台搭建（十七）：服务器配置

熟悉完虚拟机配置服务器之后，就可以尝试上手搭建实体服务器了，如果要选购服务器，应该考虑哪些因素呢？如果不差钱，那就好办了，直接选最贵的就好了。在预算有限的条件下。CPU，内存，硬盘如何取舍，达到最佳性能，是否需要购买UPS，显卡是否有必要？这些问题，我们一文解决这些疑问。

二十二：服务器配置

1、CPU

CPU是计算机的大脑，计算机的计算主要就是靠CPU来完成，所以，CPU非常重要，CPU的计算速度决定了计算机的计算能力。也就是水桶效应中最上面的那块木板。比如序列拼接这个工作，需要将测序的reads切成更小 的片段，然后将这些小片段根据序列间的关系，连成更长的片段，那么这些片段有数百万至数千万，需要非常大的计算量。如果数据复杂，计算量就更大了。

另外，CPU还需要支持多核心，CPU是大脑，一个核心是一个心眼儿，所以，我们知道心眼越多的人越聪明。多核心就可以进行并行计算，在生物信息分析中，有些工作，可以进行并行计算。相当于原来一个人的工作，现在由100个同样的人来做，理论上速度快了100倍。因此，在硬件配置中，选择CPU是非常重要的。

2、内存

内存是CPU和硬盘之间数据交流的媒介，计算机需要将存储在硬盘上的数据读取到内存中，CPU才能用来计算，而CPU不能直接读取硬盘上的数据，必须通过内存这个缓冲区，举个例子，CPU是大脑，内存是脖子，脖子以下是硬盘。内存往往就是“瓶颈”。

假设一个人的全基因组测序数据，采用二代测序的方法，人的基因组3G，10被数据30G，那么这30G的碱基，在切成更小的kmer，假设数据增加到了100G，还不算存储序列的一些其他信息，序列拼接的时候必须一次将所有数据同时存入内存，如果内存达不到100G，拼接根本无法完成。

3、硬盘

硬盘其实是计算机硬件配置中非常重要的一环，但是硬盘往往容易被大家忽略掉，认为硬盘用来存储数据，只要需要足够大就行了，这是不对的。

首先大存储量是必须的，因为生物数据往往都称为生物大数据，非常消耗存储空间，包括原始的数据存储，中间分析结果，最终结果，数据备份等，尤其是在样品量大的时候，就会非常占据存储空间，一般都是以T为单位的。

其次，硬盘的读写速度，这个也是非常重要的因素，因为目前CPU计算速度和内存已经足够大了，这样的条件下，硬盘成为限制计算机整体性能的因素。因此使用SSD硬盘会明显改善计算机性能。由于目前SSD过于昂贵，可以选择SSD+机械硬盘的方案，硬盘要做成RAID提高读写速度和数据安全性。

4、显卡

可以选配显卡，这个并不是必须的，因为很多分析工作都是文本操作，显卡适合于图形计算，例如计算蛋白质空间结构，构建系统网络等，可以选择配置显卡。

5、不间断电源UPS

UPS相当于一个大的移动电源，为了防止突然断电，导致数据丢失。UPS还是非常重要的。有些生物计算需要持续很长时间，例如拼接一个大的基因组，构建一个大的系统发育树等可能数十天时间，一旦断电，损失非常大，不要心存侥幸心理，灾难往往就发生在那些心存侥幸心理的人身上。

6、其他

冷却系统，如果是大型计算系统，设备会产生大量热量，需要建设冷却系统。

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服务器租用大致分为以下几个步骤：

1、跟开发或网络公司沟通服务器的配置配置信息，如：带宽、内存、CPU等；

2、选择合适的IDC服务商，比如景安网络；

3、选择好之后，可以先一个申请测试，并进行调配；

4、待无误后，支付费用正式使用。

扩展资料：

服务器租用是由机房统一采购服务器，按照用户的要求装好系统及环境，租给用户使用。简单理解为服务器硬件+托管=服务器租用，是IDC提供的一种打包服务。

用户不用但心购买服务器，不用担心硬件在使用过程中维修问题，不用考虑托运快递的风险，而且打包的价格要比单独购买服务器和单独托管优惠得多，服务器租用也比托管升级更方便，快速。

租用服务器分两种，一种是虚拟主机，一种是独立的服务器。前者操作简单，费用也比较少。操作步骤在提供商网站上注册一个会员，然后选择你要的虚拟主机，付款即可开通使用。后者租用费用较高。只要你付款签订合同。后服务商就提供服务器用户和密码给你。你用用户密码远程登录到服务，进行相关操作。独立的服务器可月租和年租。如果你服务器不是很了解建议月租比较好。月租风险较小。要是觉得服务器不理想可以更换。

服务器租用建议

IDC服务商一般会将连续租用1年或者2年服务器，产权归客户所有。

1、服务器托管就是买服务器放到IDC机房里，别人只是提供网络接口并帮你看管一下。

2、服务器租用和服务器托管唯一不同就是机器是别人的，别人把机器租给你用。为Internet 上的用户提供信息服务。IDC商负责该服务器的硬件基本配置和软件安装、日常维护和服务器故障的排除，使服务器能够正常的运行！

3、虚拟主机是是运用虚拟技术把一台服务器划分为多个模块，这样就节省了机器的开支，但服务的能力也下降了，而且空间一般也不大，当然价钱也便宜了，适合个人或者小企业。至于市场价格，建议货比三家，一般租用>托管>虚拟主机，具体价钱和你要求的网络带宽以及机器处理能力等因素有关系。选择适合自己的IDC商，主要是看中性价比！这样才会为企业带来更多的利润！选择持有经营许可证的服务商，我们国家对互联网经营者要求必须具备《中华人民共和国电信与信息服务业务经营许可证》,否则即是违法经营,一旦进行检查,没有该许可证的服务商会被勒令停业,如果在没有许可证的服务商那里租用虚拟主机非常危险.同时,还要注意识别ICP经营许可证和ICP备案证的区别,ICP备案是针对非经营性网站的,比如普通企业网站,个人网站等,只能申请到ICP备案,实际上是没有经营资格的。，切勿贪图便宜虚拟主机是由服务器通过虚拟主机技术分割成多个主机,一般来说,服务器上放置200个以内企业网站或30个以内功能型网站均属正常,不太会影响服务器的速度如果超过这个数字,再好的服务器也很难承受,结果就会速度下降,故障频繁的现象. 而一个性能比较可靠的服务器+电信机房托管费用+技术监控和销售推广等费用,价格至少在20000-30000左右。因此，一般的HTML空间价格应该在200以上，而功能型主机的价格在600以上才可能够略有利润，如果贪图便宜，你很可能会遇到以下情况：

1）一个服务器上可能放了1000以上的网站数量，服务器速度缓慢甚至死机

2）对功能作了过多限制，导致某些网站程序无法运行

3）过分限制带宽，导致访问速度缓慢，或显示超过在线人数

4）数据库超过负荷，导致数据库经常出现故障

5）服务商无力负担而随意改变服务方案

我们曾有一位非常典型的应用系统客户，原来在某公司租用了一个价格比较便宜的主机，开始的时候运行还可以，一个月以后，经常发现网站打不开，继而很多网站功能无法使用；委托我们和那家公司交涉后我们发现，原来那家公司开始的时候主机的PHP权限是完整的，后来服务器上用户多了，受不了，改装了安全模式，即只能运行很少量简单的网站程序，导致网站中的程序无法再运行；最后，那个客户也不愿意去为几百块钱打官司，只能重新租用了合适的虚拟主机。那几百块钱只能白白扔掉了。关注自己的邻居，由于虚拟主机是很多个网站共用的，因此关注自己的邻居网站是否占了很大的资源是非常重要的；比如一个大型的论坛，可能会占去50%以上的服务器资源，剩下的50%资源给其他网站分，效果可想而知了。当然，除非用黑客手段，否则我们很难知道自己的邻居是谁，那么，就需要搞清楚：主机服务商是否允许在网站上放论坛，聊天，江湖，外挂，下载等占用大量资源的网站系统；看看服务商的公司是否有生命力，在当今虚拟主机业务竞争白热化的时代，一家网络服务公司如果只靠域名和虚拟主机根本无法生存；当一家公司连锅都揭不开的时候，很难想象会去做好技术服务工作；因此，看服务商是否有实力，或是否有自己的特色产品非常重要。只有有生命力的服务商才可能为你提供长期稳定的服务。签定托管/租用合同，很多人对于合同之事，不太重视，但一般机房或者一级代理，都提供此服务。有合同在手，一是日后可以有证明资料，一是使托管/租用正规化。收起

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