使用RSEM进行转录组测序的差异表达分析

如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量，则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的。

可以看到，单纯用bowtie2建的索引和rsem调用bowtie2建的索引是不一样的。

用法分为两类，分别是从fa/fq得到表达矩阵，和从sam/bam得到表达矩阵（仍然要求是比对到rsem-prepare-reference生成的索引）。以单端的fq数据为例。

完成之后得到这些文件，其中，rsem.genes.results和rsem.isoforms.results分别表示gene水平和转录本水平的定量结果。每一列含义：

后面用EBseq检验差异基因/转录本时，会使用到这两个文件。

下面以gene水平差异分析为例。

这一步提取上一步得到的每个样本定量结果文件中的expected_count列，组成数据矩阵。

调用EBseq进行检验

控制FDR(错误发现率)来挑选差异基因

将GeneMat.results文件中，PPDE大于0.95的记录提取出来

sem的意思是：

1、abbr. 扫描式电子显微镜（scanning electron microscope）；标准电子组件（Standard Electronic Modules）

2、n. (Sem)（泰、柬）森（人名）；(Sem)（西、挪）塞姆（人名）

【读音】英 [,es i: 'em]

【短语】

1、SEM Analysis 扫描电镜分析 扫描电子显微镜分析 sem分析

2、sem image sem图像 sem图

3、sem break 空白时间

4、sem valor 无用

5、SEM WATCH 搜索引擎营销观察

6、TSINGHUA SEM 理学院 清华经管学院 清华大学经济管理学院 大学经济管理学院

扩展资料

sem的近义词

seminar

【读音】英 [ˈsemɪnɑː(r)]  美 [ˈsemɪnɑːr]

【意思】n. 讨论会，研讨班

【短语】

1、seminar course 研究学程 专题研究科目 研究科目

2、Olympic Seminar 奥运主题讲座

3、Advanced seminar 高级研讨会

4、Basic Seminar 突破性领导力基础课程 基本课程 真善美讲座

5、Business Seminar 商务研讨会

6、Joint Seminar 双边学术研讨会

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