求计算模拟，分子动力学模拟等所需的计算机配置

cpu要至强（xeon）E5以上级别的，条件好用E7，最好是ivy ep或sandy ep或haswell ep的核心的，八核十六线程，买两颗组双路

EVGA的双路主板

金士顿的服务器内存ddr3 1600单条8g以上插满

硬盘用ssd吧 用pcie插槽的 对软件的启动很有帮助

蓝宝石AMD FirePro W9100专业显卡，可以进行通用计算辅助

如果不想这么麻烦，直接买一台工作站就可以了，可以考虑一下苹果Mac Pro【垃圾桶】或者戴尔也有很多工作站的选择

蛋白质模拟结构设计包含很多东西，首先，同源模建、蛋白质突变这些在普通的笔记本电脑上即可完成，尤其是SYBYL、DS、MOE这样的商业软件，界面都做的很友好，window、Linux下的操作基本一样，楼主不用担心系统问题，学术免费版的MODELER需要装载Linux下，但是安装教程做一步步来，基本上也不需要很深的Linux基础。但是做了以上工作之后，模建了一个蛋白质，位点突变了之后，甚至设计了一个蛋白质和恩子对接要看一下具体的作用方式是否合理，就需要分子动力学研究了，常用软件amber、gromas、name等，这些都是需要在Linux下运行并且需要Linux指令来交作业的，甚至需要自己写脚本，这个时候就需要较深的Linux基础和配置较高的工作站了。

首先说，Linux基础，amber是这几个软件里最容易用的，就说amber，Ubuntu下已经有构建分子的图形界面，然后用命令提交作业即可，找个用的比较好的老师或者学长，将常用的参数设置、命令写成一个脚本，每次拿过来改一下具体的名字，直接提交就 可以了。

再来说硬件，曾经与一个学生聊天，他老板的硬件配置很差，4、5年前的台式机，一个动力学模拟跑了两个月学校停电了，必须从头来过，眼看就毕不了业了，只能各种参数降低，模糊的算一下，自己都不知道准不准，将就毕业了。所以跑分子动力学需要服务器是肯定的。

现在的硬件已经相对来说很便宜了，如果预算十万块以内，搞个比较高端的GPU 4万块，加两块CPU，价格硬盘什么的加起来七八万就完全拿下来了。如果确定要跑分子动力学，做长期打算不建议5万块以下的服务器。

系统的话，首推服务器的话首推Centos，Rhat相对来说稳定，但是缺少什么软件需要自己安装的时候很蛋疼，楼主肯定不会买Rhat服务的。如果是在自己的笔记本上做前期处理，Ubutu会让你很惊喜，桌面很炫，很多类似与window的GUI，至少用起来相对容易，不用查看个文件夹都敲命令

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