16个常用生物信息在线工具

韦恩图

工具：Venny2.0

地址： http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

基因预测

工具：FGENESH

地址： http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind

phylogenetic

工具：iTOL

地址： http://itol.embl.de/index.shtml

启动子区预测

工具：Promoter Scan

地址： http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

蛋白质一级结构分析

工具：PredictProte

地址： https://www.predictprotein.org/home

工具：ExPASy-ProtParam tool

地址： http://web.expasy.org/protparam/

信号肽

工具：SignalP

地址： http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

跨膜结构域

工具：TMHMM Server v. 2.0

地址： http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

蛋白质亚细胞定位

工具：PSORT II Prediction

地址： http://psort.hgc.jp/form2.html

蛋白质三级结构预测

工具：SWISS-MODEL

地址： http://swissmodel.expasy.org/interactive

短序列拼接

工具：Cap3

地址： http://doua.prabi.fr/software/cap3

多序列比对相似性展示

工具：SimiTriX-SimiTetra

地址： http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php

绘制GO注释结果

工具：WEGO （Web Gene Ontology Annotation Plotting）

地址： http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl

蛋白质domain

工具：Pfam database

地址： http://pfam.xfam.org/

基因组杂合性评估

工具：GenomeScope （Estimate genome heterozygosity, repeat content, and size from sequencing reads using a kmer-based statistical approach）

地址： http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2

circos****图

工具：CIRCOS （可以用来画基因组数据的环状图，也可以用来绘制其它数据的相关环状图。）

地址： http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

Galaxy( https://galaxyproject.org/use/ )生物信息分析平台是目前生物医学研究领域最受欢迎的在线生物信息分析工具之一，其后台封装了很多高端的计算工具，并且在网页的前端给这些工具以直观的使用界面而把计算和存储管理的细节隐藏起来。

生信平台化是以后的一大趋势，目前国内外多个公司都建立了自己的生信分析平台，有全免费的也有部分免费的。目前开放的比较有名的有：Galaxy，GenePattern，GenomeQuest，UCSC，DNAnexus等。

Galaxy大部分是免费的，官网的原话：

首页对各类服务器进行了分类：

比如，这里找了个 Metabolomics workflow ：

https://galaxyproject.org/use/workflow4metabolomics/

更多详细的资源在这个界面，旁边有非常多的工具 https://usegalaxy.org/ ：

没用过，现在也不知道怎么用，尤其是部署自己的服务器，对Galaxy平台进行本地化搭建，貌似有些麻烦，后续有机会摸索。

此外，在Github上收集了不少Galaxy Training的内容，资源不是一般多，关键怎么利用的问题。 https://galaxyproject.github.io/training-material/

仅仅 Proteomics 就有一系列内容 https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/proteomics/

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